Glosariusz

Delecja

Rodzaj mutacji, w której jeden lub wiecej nukleotydów ulega usunięciu, co zawsze skutkuje zmianą lub skróceniem sekwencji aminokwasowej powstającego białka.

ECDC

Europejskie Centrum ds. Zapobiegania i Kontroli Chorób (ang. European Centre for Disease Prevention and Control), agencja Unii Europejskiej powołana w 2005r., odpowiedzialna za rozpoznawanie, ocenę i komunikowanie zagrożenia związanego z występowaniem chorób zakaźnych na terenie Wspólnoty. Do obowiązków agencji należą: nadzór, wywiad epidemiologiczny, reagowanie, doradztwo naukowe, szkolenia z zakresu zdrowia publicznego, a także utrzymanie komunikacji międzynarodowej. Obecne Agencja dostarcza rzetelnych informacji dotyczących przypadków Covid-19, szczepień, oraz występowania wariantów niebezpiecznych SARS-CoV-2.

Adres www: https://www.ecdc.europa.eu/en

Genom

Kompletna informacja genetyczna organizmu lub wirusa. Genom SARS-CoV-2 jest zbudowany z pojedynczej cząsteczki jednoniciowego RNA o dodatniej polarności ( tzw. +ssRNA), której długość wynosi ok. 29 900 pz (par zasad). 

Gen

Fragment genomu kodujący białko lub białka. Na podstawie genów SARS-CoV-2 tworzone są 4 białka strukturalne: S (ang. spike, glikoproteina powierzchniowa, uczestniczące w interakcji z receptorem powierzchnowym infekowanej komórki), M (ang. membrane, białko błonowe, uczestniczy w budowie błony wirusa), E (ang. envelope, białko płaszcza, uczestniczy w formowaniu wirionów), N (ang. nucleocapsid, białko nukleokapsydu, białko wiążące genomowe  RNA wirusa; 16 białek niestrukturalnych oraz 9 białek pomocniczych.

GISAID

Międzynarodowa baza danych, w której gromadzone są dane (m.in. kompletne sekwencje genomowe) dotyczące wirusów grypy oraz SARS-CoV-2. W chwili obecnej (02.07.2021) w bazie zdeponowano ponad 2 000 000 pełnych sekwencji genomu SARS-CoV-2.

Adres www: https://www.gisaid.org

Insercja

Odwrotność delecji, wstawienie jednego lub kilku dodatkowych nukleotydów, wskutek których powstaje białko o zmienionej lub skróconej strukturze aminokwasowej.

Kod genetyczny

Zestaw reguł według których geny są wykorzytsywane do powstawania białek.

Kodon

Trzy kolejne nukleotydy, które informują rybosom, jaki aminokwas ma wstawić w tworzonym białku lub informują go o rozpoczęciu lub zakończeniu sekwencji kodującej białko (tzw. kodon START i kodon STOP).

Mutacja

Zmiana w sekwencji nukleotydowej genomu. W wirusologii, mutacje są naturalnym zjawiskiem zachodzącycm podczas replikacji wirusa w wyniku błędu systemu kopiowania materiału genetycznego (polimeraza). Mutacja może być dla wirusa niekorzystna, neutralna lub korzystna. W tym ostatnim przypadku może m.in. poprawiać zdolności adaptacyjne wirusów do nowych gospodarzy, prowadzić do zmniejszenia lub zwiększenia wirulencji, zaraźliwości bądź prowadzić do unikania odpowiedzi immunologicznej gospodarza.

Mutacja punktowa

Zastąpienie jednego nukleotydu innym, które może, ale nie musi, powodować zmianę sekwencji aminokwasowej białka.

Mutacja cicha

Zmiana sekwencji nukleotydowej w genomie, która nie prowadzi do zmiany sekwencji aminokwasowej kodowanego białka.

Mutacja zmiany sensu

Mutacja prowadząca do zmiany sekwencji aminokwasowej białka.

Mutacja nonsensowna

Mutacja powodująca powstanie kodonu STOP i skrócenie powstającego białka.

Otwarta ramka odczytu (ORF)

Sekwencja nukleotydowa kodująca białko, rozpoczęta tzw. Kodonem START (informującym o początku sekwencji kodującej białko) a zakończona kodonem STOP (informacja o jej zakończeniu), pomiędzy którymi znajdują się kolejne kodony (trójki nukleotydów) odpowiadające kodowanym aminokwasom.

Wariant

Wirus, który różni się od innych zestawem mutacji, które utrzymują się przy replikacji. Od początku epidemii SARS-CoV-2 na świecie powstała niezliczona liczba wariantów, jednak obecne w nich zmiany nukleotydowe w większości nie miały wpływu na właściwości wirusa i nie utrwaliły się. Niektóre kombinacje zmian w genomie mogą być korzystne dla wirusa i utrwalać się, tworząc warianty które potencjalnie mogą być dla nas niebezpieczne i wymagają monitorowania.

VOC (ang. Variant of concern)

Wariant niebezpieczny. Warianty, dla których istnieją niepodważalne dowody wpływu na transmisyjność, przebieg choroby lub odpowiedź immunologiczną gospodarza, wskutek czwgo stanowią szczególne zagrożenie. Według ECDC (Europejskiego Centrum Kontroli Chorób), do tej grupy zakwalifikowanych zostało 5 wariantów (alfa [B.1.1.7, tzw. brytyjski; B.1.1.7+E484K, tzw. brytyjski z dodatkową zmianą E484K];  beta [B.1.351, tzw. południowoafrykański],gamma [P1, tzw. brazylijski] oraz delta [B.1.617.2, indyjski).

VUI (ang. Variant of interest)

Wariant potencjalnie niebezpieczny. Warianty, dla których na podstawie sekwencji genetycznej, obserwacji epidemiologicznych lub badań in vitro wydaje się, że że mogą mieć zmienioną transmisyjność lub wrażliwość na odpowiedź immunologiczną i w związku z tym mogą stanowić potencjalne zagrożenie epidemiologiczne. Jednakże, dostępne są niepełne dane i ocena może być obarczona dużym ryzykiem. Obecnie ECDC wyróżnia 7 wariantów VOC, wśród których znajduje się m.in. wariant Eta (B.1.525, tzw. nigeryjski) oraz wariant epsilon (B.1.427/B.1.429).

VUM (ang. Variant under monitoring)

Warianty, dla których istnieją pewne przesłanki iż mogą stanowić dla nas zagrożenie i w związku z tym powinny być monitorowane.